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80年代初期，钱学森突破中共无神论的框架，提出用“人体功能态”理论来描述人体这一开放的复杂巨系统。并建议把人体科学作为第三个新的科学技术门类。同时他促动当时的中共总书记胡耀邦转变对气功的政策决策。

1999年7月后，江泽民在中国下令镇压法轮功，鉴于钱学森的威望，江泽民曾数次登门请求钱学森对镇压法轮功表态，但这一次，钱学森再没有对中共的政治运动给予配合，因为气功确实让这位老科学家看到了揭示自然和宇宙奥秘的线索，从此钱学森所倡导人体科学的思想被彻底封杀。这次沉默，是钱学森以一名真正的科学家的求实精神所做的表态。